Национальный парк «Алтын-Эмель» создан для сохранения уникальных экосистем Илийской межгорной котловины и их биоразнообразия, охраны геоморфологических и палеонтологических  объектов, памятников истории и культуры в сочетании с развитием экологического туризма. Основными задачами национального парка являются:

- сохранение природных комплексов, биоразнообразия, уникальных и эталонных природных участков, объектов природно-заповедного фонда, природного и историко-культурного наследия;

- разработка научных методов сохранения биологического разнообразия, ведение мониторинга экологических систем и отдельных природных объектов по Программе Летописи природы;

- экологическое просвещение и развитие экологического туризма;

- обеспечение ведения ограниченной хозяйственной деятельности, не приносящей ущерб охраняемым природным комплексам.